一些有用的UNIX命令
发布时间：2022-12-19 11:29:27 所属栏目：Unix 来源：
导读： 你将从这里发现一些有用的UNIX命令，它们将会是你探索下一代测序数据的有力支撑。此外，从你还可以发现更多更有用的命令.
直接在命令行处敲这些命令将会详细介绍它们.
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你将从这里发现一些有用的UNIX命令，它们将会是你探索下一代测序数据的有力支撑。此外，从你还可以发现更多更有用的命令. 直接在命令行处敲这些命令将会详细介绍它们. or Ctrl-l: clear screen 上下箭头键可以用来浏览之前用过的命令 Ctrl-r 搜索使用过的命令的历史 ## Ctrl-r opens this query tool ## start typing part of the command you issued a while back and it will show ## up in the query tool -- I think the history gets deleted after logging out (reverse-i-search)`': 使用Tab键可以补齐命令，文件名和文件夹 or Ctrl-d: 退出Shell : 从命令行关机 : 显示你感兴趣的命令的详细手册 使用空格翻页.q键退出. man man ## displays the man-page of man ;-) man ssh ## displays man-page of the ssh client 文件系统相关 这里给出了友好的UNIX文件系统的介绍。阅读 可以大致解释一个典型的Unix文件系统. : 在文件夹之间移动 cd .. : 返回到上一目录. 例如, 如果你在/home/cartwrightlab/desktop 目录并且想返回/home ,那么使用 cd ../.. pwd /home/cartwrightlab/desktop cd ../.. pwd /home : 拷贝文件 cp dir1/foo.txt dir2/ ## copies foo.txt from dir1 to dir2 cp -r dir1/ dir2/ ## copies dir1 and its contents to dir2 : 列出文件夹下所有的内容 ls -l ## list files with detailed info ls -a ## show all files including hidden files ls -lh ## show a list of files including their sizes in human readable form ls -lha ## well... : make a new directory unix grep 命令_unix命令行_unix 命令行数 mkdir foo ## makes directory foo : 移动文件或重命名文件 mv foo.txt newdirectory/foo.txt ## moves foo.txt into newdirectory mv foo.txt cat.txt ## renames foo.txt to cat.txt ? : 根据正则表达式对多个文件重命名 表示重命名的规则 rename 's/.txt$/.fasta/' * ## changes the file extension for all files (*) in a directory from .txt to .fasta : 删除文件或文件夹 rm foo.txt ## delete foo.txt rm -r foo ## delete the directory foo and its contents : 搜索文件 -- 有一个极好的教程介绍如何很好地使用这个强大的命令 find /home/user -name pattern ## searches for files in /home/user that match the pattern : 汇报磁盘系统使用情况 df -h ## reports the size, used space, and available ## space of every device available on the system ## ## useful if you want to know how much space you ## have left to work with -- Can I really extract this tarball?! : 估计特定文件夹下的内容占据的空间大小 du -h /home/user ## estimates the size of the user's home directory ## and the contained directories ## ## can be used to estimate the size of any directory : 打印你所处的路径 注意: 你处理文件的所有命令都假设你在该文件夹内. 如果不是的话, 你可以使用相对路径. 例如: 你的文件 (file_1.txt)在文件夹 home/cartwrightlab/Documents/TruSeq/ 下, 而你在另一个文件夹下工作 home/cartwrightlab/Documents, 如果你要想重命名 file_1 而不离开你目前的文件夹的话, 你该使用如下命令: mv TruSeq/file_1.txt TruSeq/newfile_1.txt 注意, 你并不需要输入完整的路径unix命令行，因为TruSeq 是Documents的子目录. 挂载 : 挂载一个设备 一个设备可以是一个硬盘. 设备一般在目录/dev下都可找到. 然而，不同系统之间的名字有所不同. 比如 /dev/sdb1 是你刚插入到电脑的USB驱动器. 你将它挂载到/mnt文件夹, 可通过如下命令: mount /dev/sdb1 /mnt : 卸载文件系统 为了将刚才挂载的驱动器卸载, 你需要使用如下命令. 然而，这个过程会长一些, 因为可能还有数据没有写入呢! umount /mnt 和文本文件打交道 处理文本文件的额外信息可以参考 . : 将文件内容打印到标准输出; 你当然可以像man命令那样搜索模式 less foo.txt : 将文件的前10行打印到标准输出，对于大文件很有用 head foo.txt 只打印前5行的话: head -n 5 foo.txt : 将文件的最后10行打印到标准输出 tail foo.txt 只打印最后5行的话: tail -n 5 foo.txt : 很容易使用的文本编辑器 然而Nano处理大文件并不合适, 详细的编辑大文件的方法可参考: . nano foo.txt :连接文本并打印到标准输出，或重定向到另一文件 cat foo.txt ## dump foo.txt to standard out (the screen) cat foo1.txt foo2.txt foo3.txt > foo_combined.txt ## dump foo1.txt through foo3.txt to another file cat *.txt > combined.txt ## dump all text files in current directory to another file : 在文件内搜索符合模式的内容 -- 返回满足模式的行 ## Simple pattern matching and full-fledged support for regular expressions. ## There are tons of how-to's on the web. grep pattern foo.txt ## basic usage to look for pattern in file foo.txt cat foo.txt | grep pattern ## same as above using cat and a pipe (see I/O Redirection) cat *.txt | grep pattern ## search for a pattern in all text files in the present directory : 报告或省略重复的行 cat foo.txt | uniq > foo-filtered.txt ## only retain uniq lines in foo.txt and save these in ## foo-filtered.txt ## ## think about filtering out duplicate sequences etc. : 强大的文本编辑器，但学习起来很不容易. 那为什么还要学习vi呢? 因为任何新安装Unix或Linux的电脑上都有它 . : 统计一个文件的行数，字数和字节数 wc -l foo.txt ## counts the number of lines in foo.txt cat foo.txt | wc -l ## same as above using a pipe (see I/O Redirection) （编辑：百客网 - 百科网） 【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容! |
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